動植物denovo基因組測序

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動植物denovo基因組測序
    某物種不存在繪制好的基因組序列或者當前基因組序列質量無法滿足后續物種起源進化及特定環境適應性等研究時,從而需要對該物種進行基因組測序及拼接組裝,進而繪制該物種的全基因組序列圖譜。根據基因組的復雜程度,基因組可分為簡單基因組和復雜基因組。
 
 
試驗方案:
專業方案設計,科學合理的建庫測序是高質量分析成果的基石。
 

  簡單基因組de novo 測序 復雜基因組de novo 測序
純二代 基于頂尖組裝水平,簡單或復雜基因組高質量組裝
文庫類型 小片段文庫:250 bp/450 bp 
大片段文庫:2 Kb/5 Kb/10 Kb
小片段文庫:250 bp/350 bp/450 bp 
大片段文庫庫:2 Kb/5 Kb/10 Kb/20 Kb
樣本要求 DNA總量>400ug DNA總量>400ug
測序策略與深度 HiSeq PE150 100× HiSeq PE150 200×
承諾指標 哺乳動物和鳥類基因組:contig N50≥40 Kb 
scaffold N50≥4 Mb 
其它物種基因組:contig N50≥30 Kb 
scaffold N50≥1 Mb
contig N50≥20 Kb 
scaffold N50≥500 Kb
組裝策略(推薦) 二代、三代混合拼接
測序策略與深度 二代小片段(100×)+三代(40×)+10X Genomics
承諾指標 contig N50≥500 Kb
scaffold N50≥1 Mb
contig N50≥200 Kb 
scaffold N50≥1 Mb
全三代拼接 全三代結合新技術,組裝水平達到新高度
測序策略與深度 三代(80×)+10x Genomics/BioNano/ChiCago 三代(100×)+10X Genomics/BioNano/ChiCago
承諾指標 contig N50≥1 Mb
scaffold N50≥3 Mb
contig N50≥500 Kb
scaffold N50≥1 Mb
 
 
生物信息分析
基因組序列是研究物種分子生物學的基礎,通過全基因組de novo測序,可得到物種全基因組序列圖譜,通過比較基因組學分析可對物種進行基因家族分析,系統進化分析,正選擇分析和共線性分析。

De novo 測序 分析內容
組裝 組裝策略
組裝結果評估
注釋 重復序列注釋
基因結構注釋
基因功能注釋
非編碼RNA注釋
生物學分析 比較基因組學分析 基因家族分析
系統進化分析
正選擇分析
共線性分析
個性化分析 針對物種自身特點
制定分析方案
有參考基因組de novo 測序 特有基因檢測
變異檢測
 
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