動植物全基因組重測序

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動植物基因組重測序

在不依賴參考基因組的情況下對某物種進行基因組測序及拼接組裝,從而繪制該物種的全基因組序列圖譜。基因組測序不僅可以獲得該物種的全基因組序列圖譜,同時也為后續物種起源進化及特定環境適應性的研究奠定了基礎。根據基因組的復雜程度,基因組可分為簡單基因組和復雜基因組。
 

 


科學方案設計

 

簡單基因組de novo 測序

復雜基因組de novo 測序

純二代

基于頂尖組裝水平,簡單或復雜基因組高質量組裝

文庫類型

小片段文庫:250 bp/450 bp 
大片段文庫:2 Kb/5 Kb/10 Kb

小片段文庫:250 bp/350 bp/450 bp 
大片段文庫庫:2 Kb/5 Kb/10 Kb/20 Kb

樣本要求

DNA總量>400ug

DNA總量>400ug

測序策略與深度

HiSeq PE150 100×

HiSeq PE150 200×

承諾指標

哺乳動物和鳥類基因組:contig N50≥40 Kb 
scaffold N50≥4 Mb 

其它物種基因組:contig N50≥30 Kb 
scaffold N50≥1 Mb

contig N50≥20 Kb 
scaffold N50≥500 Kb

組裝策略(推薦)

二代、三代混合拼接

測序策略與深度

二代小片段(100×+三代(40×+10X Genomics

承諾指標

contig N50≥500 Kb
scaffold N50≥1 Mb

contig N50≥200 Kb 
scaffold N50≥1 Mb

全三代拼接

全三代結合新技術,組裝水平達到新高度

測序策略與深度

三代(80×+10x GenomicsBioNanoChiCago

三代(100×+10X GenomicsBioNanoChiCago

承諾指標

contig N50≥1 Mb
scaffold N50≥3 Mb

contig N50≥500 Kb
scaffold N50≥1 Mb


生物信息分析:

基因組序列是研究物種分子生物學的基礎,通過全基因組de novo測序,可得到物種全基因組序列圖譜,通過比較基因組學分析可對物種進行基因家族分析,系統進化分析,正選擇分析和共線性分析。

De novo 測序

分析內容

組裝

組裝策略
組裝結果評估

注釋

重復序列注釋
基因結構注釋
基因功能注釋
非編碼RNA注釋

生物學分析

比較基因組學分析

基因家族分析
系統進化分析
正選擇分析
共線性分析

個性化分析

針對物種自身特點
制定分析方案

有參考基因組de novo 測序

特有基因檢測

變異檢測

 

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