Chip測序

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 Chip測序
ChIP-seq采用特異性抗體對目的蛋白進行免疫沉淀后,分離與其結合的基因組DNA片段,并通過高通量測序,在全基因組范圍內尋找目的蛋白特異結合的DNA位點,且可基于多個樣品進行差異比較分析及特異蛋白結合位點的序列偏好性分析。目前已廣泛應用于人、小鼠、酵母、水稻、擬南芥等物種的研究。
 

生物信息分析

 
分析內容 解決問題
測序數據質量評估 過濾掉低質量數據,保證數據質量
與參考基因組比對 scc分析,判斷IP效果
peak峰calling 分析蛋白結合位點
motif分析 蛋白結合序列的偏好性
peak峰相關基因注釋 尋找蛋白潛在調控基因
差異peak分析 分析不同樣本間差異peak峰
相關基因功能分析 相關基因GO, KEGG富集分析
 
 
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