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smallRNA測序

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 smallRNA測序
  小RNA是生物體內一類重要的調節分子,包括了miRNA、piRNA、siRNA、snRNA和snoRNA等。其功能主要是誘導基因沉默,參與基因轉錄后調控,從而調節細胞生長、分化,以及個體發育、生殖等重要生物學過程。利用Illumina測序技術,可一次性獲得單堿基分辨率的數百萬條小RNA序列信息,經過生物信息工程師的分析,可鑒定已知小RNA,并預測新的小RNA及其靶標基因。
技術優勢
有效數據多:單樣本測序數據量可達20M以上;
起始量低:常規樣本100ng,最低支持20ng建庫起始量;
分辨率高:可檢測小RNA單個堿基的差異;
分析經驗豐富:完成了數千份數據的分析。

研究內容
    一、標準分析
1、數據產出統計,對原始信息采集數據去接頭污染,去低質量reads        
2、18-30 nt Small RNA 信息采集結果的長度分布        
3、Small RNA在選定的參考基因組上的分布(只能選定一個參考基因組)
4、Small RNA分類注釋
①Small RNA與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比對信息  
②Small RNA與重復序列的比對信息
③Small RNA與exon/intron的比對信息   
④Small RNA與miRBase中指定范圍的已知的miRNA的比對
⑤miRNA家族分析
⑥動物保守piRNA注釋分析(分析僅針對數據庫中已有的物種:人、小鼠、斑馬魚、線蟲、果蠅、大鼠、雞、家蠶)
5、Small RNA預測(miRNA/siRNA/piRNA)
6、已知和新Small RNA 定量分析(miRNA/siRNA/piRNA)
7、已知和新Small RNA差異表達分析(miRNA/siRNA/piRNA)
8、已知和新miRNA表達/差異表達聚類分析
9、已知和新miRNA 靶基因預測
10、差異miRNA 靶基因GO 注釋和KEGG 通路分析
二、高級分析
1、差異miRNA與差異靶基因的相關性分析;
2、差異miRNA與差異靶基因互作網絡繪制;
3、互作靶基因功能富集分析(KEGG和GO);
三、定制化信息分析
可結合客戶的材料與需求,協商確定定制化信息分析內容。



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