轉錄組測序
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轉錄組測序

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 轉錄組測序
轉錄組測序,對某一物種或特定細胞在某一功能狀態下產生的mRNA在Illumina測序平臺進行高通量測序,不僅能夠提供定量分析,檢測基因表達水平差異,而且能夠提供結構分析,發現未知轉錄本和稀有轉錄本,精確地識別可變剪切位點、基因融合、SNP以及Indel位點等,也能夠不依賴于參考基因組。
技術優勢
任意物種的全轉錄組分析:無需了解物種基因或基因組信息,能夠直接對任何物種進行最全面的轉錄組分析;
覆蓋度高:數字化信號,能夠測定幾乎所有轉錄本片段的序列;
分辨率高:可以檢測基因家族中相似基因及可變剪接造成的單堿基差異;
檢測范圍廣:從幾個到數十萬個拷貝精確計數,可同時鑒定及定量正常和稀有的轉錄本。
產品應用
醫學方向
 
 
農學方向
 
 
研究內容
一、無參考序列物種
標準信息分析:
 1. 測序數據過濾
2. 轉錄組de novo組裝
3. Unigene七大功能數據庫注釋
4. Unigene的CDS預測
5. Unigene的TF編碼能力預測
6. Unigene的SSR檢測
7. Unigene表達量計算(基因表達水平、PCA分析、基因表達水平箱線圖和密度圖、樣品間的表達量韋恩圖)
8. 時間序列分析
9. 差異表達基因檢測
10. 差異表達基因聚類分析
11. 差異表達基因GO功能分析
12. 差異表達基因Pathway功能分析
13. 差異基因蛋白互作分析
14. 真菌致病基因預測 (真菌樣本)
15. 植物抗病基因預測(植物樣本)
定制化信息分析:
 可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。
 
二、有參考序列物種
標準信息分析:
1. 測序數據過濾
2. 參考基因組比對
3. 新轉錄本預測
4. SNP和INDEL檢測
5. 差異剪接基因檢測
6. 基因表達量計算(基因比對率及表達數目統計、Reads對轉錄本的覆蓋度及分布、樣品間的相關性、PCA分析、樣品中基因表達量的分布、樣品間及組間的基因表達情況)
7. SNP、INDEL、基因表達量和基因融合Circos圖(僅限人的樣本)
8. 基因表達量聚類分析
9. 時間序列分析
10. 差異表達基因檢測
11. 差異表達基因維恩圖分析
12. 差異表達基因層次聚類分析
13. 差異表達基因GO功能分析
14. 差異表達基因Pathway功能分析
15. 差異表達基因TF編碼能力預測
16. 差異表達基因蛋白互作分析
高級信息分析:
基因共表達網絡分析(15個及以上樣品,贈送但不包含在標準執行周期內)
定制化信息分析 :
可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容
 

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