宏基因組分析

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 宏基因組分析

產品介紹

       微生物是地球上已知種類最多、數量最大、分布最廣的生物類群,僅原核微生物的總量大約就達4×1030-6×1030個。但是據估計,自然環境中超過99%的微生物不能用傳統的方法進行純培養,因而也不能對它們開展依賴于純培養的生物技術或基礎方面的研究。為了克服傳統純培養技術的不足,充分挖掘此類未培養微生物所蘊涵的巨大潛能,研究者們發展了宏基因組學的研究方法。利用分子生物學的研究方法繞過純培養技術來研究微生物的多樣性及功能,提供了一種探知微生物多樣性結構和功能基因組的免培養方法,是一條尋找新基因及其產物的新途徑。

 

研究內容

宏基因組:

宏基因組將所獲取的樣本中的全基因組進行高通量測序,以該環境樣本中所有的微生物基因組數據,采取denovo組裝技術,對該微生物的群落結構、群體基因組成與功能,以及代謝通路等進行深度分析,從而對環境中微生物群落內部、微生物、環境與基因的相關關系做深入挖掘,找到具有應用價值的基因 。

 

產品優勢

研究內容多樣:通過對群落中所有微生物進行全基因組分析,研究群落的物種、基因、功能結構/差異,并可以和宏轉錄組、代謝組學等進行關聯分析,深入研究微生物的作用機制。

可組裝單菌:對于簡單的環境,可以通過三代測序或提高測序深度,獲得較好的單菌基因組,并進行深入的功能挖掘。

樣本類型廣泛:糞便、唾液、牙菌斑、土壤、水體、空氣等有微生物存在的樣本都可以用于宏基因組測序。

取樣建議有針對性:對糞便、土壤、水體、濾膜、水體等樣本提供標準的取樣建議,其他類型樣本個性化溝通確認最優的取樣和提取方法。

個性化分析:提供針對人體微生物的個性化分析/高級分析內容,其他個性化分析需求可與信息分析同事溝通。
建庫流程

1.      將檢測合格的基因組DNA樣品用物理方法隨機打斷成250-350bp的片段

2.      對打斷的DNA片段進行末端修復

3.      在3’端連接A堿基

4.      在DNA片段兩端連接上測序接頭

5.      片段選擇并進行數個cycle的PCR擴增

6.      PCR產物純化并回收目的片段

7.      文庫質控與定量

8.      將質量檢測合格的文庫上機測序

信息分析內容

信息分析條款

信息分析內容

數據處理

·         去除接頭污染和低質量數據

·         去除宿主污染(需提供參考序列)

·         產出數據及質控統計

宏基因組組裝與基因集構建

·         宏基因組de novo組裝

·         原噬菌體與轉座元件預測

·         基因集構建

基因功能注釋

·         通用數據庫注釋(GOCOG Swiss-ProtKEGG nr

·         基于CAZyCarbohydrate-Active enZymes)數據庫的功能注釋

·         基于eggNOG evolutionary genealogy of genes: Non-supervised Orthologous Groups)數據庫的功能注釋

·         抗生素抗性因子分析(ARDB

物種組成與多樣性分析

·         物種統計

·         物種豐度分析

·         物種多樣性分析

基因豐度定量與差異分析

·         差異基因分析

·         差異基因聚類分析

·         差異基因的GO功能顯著性富集分析

·         差異基因的Pathway顯著性富集分析

主成分分析

·         PCA分析

定制化分析

·         可結合客戶的需求,協商確定信息分析內容

 

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