蛋白轉錄聯合分析
蛋白組測序分析

ITRIQ label free 蛋白轉錄聯合分析

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 轉錄和蛋白質組聯合分析
遺傳物質從DNA、RNA到蛋白質的過程中,受到不同水平的表達調控。如表觀調控、轉錄調控、翻譯調控等。mRNA的研究只能在轉錄調控水平上進行研究,結合蛋白質組學研究可以比較分析基因在轉錄和翻譯不同水平的調控機制。蛋白質組學研究,即把一個樣品中表達的大多數蛋白質進行精確定量和鑒定。
iTRAQ和label-free是目前定量蛋白質組學常用的技術。iTRAQ技術是由AB Sciex和Thermo公司研發的蛋白體外標記定量技術,利用多種同位素特異性標記蛋白的氨基集團,進行質譜串聯分析,比較不同樣品蛋白質的相對含量。非標定量法(label-free)是一種不依賴于同位素標記的新型蛋白質定量技術,通過比較質譜分析次數或質譜峰譜強度,分析不同樣品蛋白的數量變化。iTRAQ具有蛋白通量高、覆蓋度高,定量準確、可信度高,分離能力強、分析范圍廣、定性結果可靠,自動化程度高、分析時間快、分析效果好等優點。

轉錄組和蛋白組聯合分析方案
 

案例展示:
整合分析表明A. flavus的生物學途徑與次生代謝途徑的轉錄組與蛋白組的相關性受溫度的影響
Integrative analyses reveal transcriptome-proteome correlation in biological pathways and secondary metabolism clusters in A. flavus in response to temperature.
實驗材料:A. flavus strain NRRL 3357
測序策略: Illumina HiSeq 2000 sequencer(RNA-seq),  Shimadzu HPLC system(iTRAQ)
研究結果:
共鑒定出3886個蛋白質,并對2832個蛋白質進行了可靠定量。664個蛋白質在溫度變化時差異表達,差異表達蛋白中翻譯相關途徑、代謝途徑和次生代謝產物的生物合成等pathway富集。蛋白質譜的變化與相應轉錄水平的改變相一致,表明轉錄后過程在黃曲霉蛋白水平的調節中起著關鍵作用。黃曲霉毒素生物合成相關蛋白和轉錄本的表達譜表明,在28 ℃時,大多數基因在蛋白和轉錄水平上都有上調。這些結果為黃曲霉在有利溫度和不利溫度下的蛋白質組學研究提供了全面的定量數據。
 



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